该剧讲述了『宇宙戦艦ヤマト2』で、ヤマトと別れたデスラーが新天地を探す旅に発つ前に寄ったガミラス星から始まる。暗黒星団帝国がガミラシウムを採掘していた。これに怒ったデスラーは攻撃を加え、交戦の結果、ガミラス星が崩壊。ガミラス星の消滅により連星を構成していたイスカンダルが暴走を始める。 その頃、地球ではヤマトに新しい乗組員を迎え訓練に励んでいた。デスラーから発信された、救援を求める通信によりイスカンダルの危機を知ったヤマトは、地球防衛軍長官の命によりイスカンダルにスターシャと古代守の救助に向かう。
